17 Mayıs 2006 - Danıştay 2. dairesine Alparslan Arslan silahlı saldırı düzenledi. Saldırı sonucunda, Danıştay İkinci Daire üyesi Mustafa Yücel Özbilgin öldü, aralarında daire başkanı Mustafa Birden'in de yer aldığı dört üye daha yaralandı. [18]
20 Mayıs 2006 - Muzaffer Tekin Danıştay saldırısı ile ilgili olarak tutuklandı. [19]
12 Haziran 2007 - 12 Haziran 2007'de bir ihbar üzerine Ümraniye'de bir gecekonduda operasyon yapıldı. 27 adet el bombası, TNT kalıpları ele geçirildi. Gecekondu sahibi ve yeğeninin ifadeleri üzerine soruşturma başlatıldı.
20 Haziran 2007 - İş adamı Kuddusi Okkır gözaltına alındı.
27 Temmuz 2007 - Araştırmacı yazar Ergün Poyraz, Oktay Yıldırım, Fikri Karadağ, Türk Ortodoks Kilisesi sözcüsü Sevgi Erenerol, Ümit Oğuztan, Avukat Kemal Kerinçsiz, Bekir Öztürk, Gazeteci yazarGüler Kömürcü, Zekeriya Öztürk, Sedat Peker, Taner Ünal, Fuat Turgut, Hüseyin Görüm, Fikret Emek, Semih Günaltay, Sami Hoştan, Ali Yasak gözaltına alındı. [20]
6 Eylül 2007 - ADD Üsküdar şubesi başkan yardımcısı Asuman Özdemir gözaltına alındı.
22 Ocak 2008 - Emekli Tuğgeneral Veli Küçük ve özel güvenlik görevlisi Serhat Atmaca gözaltına alındı.
21 Mart 2008 - Ergenekon soruşturmasında 5.dalga: İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, Gazeteci yazar araştırmacı Adnan Akfırat, Cumhuriyet gazetesi başyazarı İlhan Selçuk, [21] Aydınlık Dergisi Genel Yayın Yönetmeni Serhan Bolluk, Ulusal Kanal Genel Yayın Yönetmeni Ferit İlsever, İstanbul Üniversitesi eski rektörü Kemal Alemdaroğlu, Öğretim görevlisi Emin Gürses, Gazeteci yazar Vedat Yenerer ve Ankara Barosu Avukatı, İşçi Partisi Genel Başkan Yardımcısı Nusret Senem gözaltına alındı.
1 Temmuz 2008 - Ergenekon soruşturmasında 6.dalga: Emekli Jandarma Genel Komutanı, ADD Genel Başkanı Org. Şener Eruygur,Emekli 1. Ordu Komutanı Org. Hurşit Tolon, Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay, Ankara Ticaret Odası Başkanı Sinan Aygün, Gazeteci ve Akademisyen Erol Mütercimler, Emekli Tuğamiral İlker Güven, Emekli Albay Hasan Atilla Uğur, Tercüman Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Ufuk Büyükçelebi, Karadeniz Teknik Üniversitesi'nden Ercüment Ovalı, Ulusal Sanayici ve İşadamları Derneği Genel Sekreteri, ADD eski Kadıköy Şube Başkanı Birol Başaran, Türkiye Gençlik Birliği Kurucu Başkanı(eski) Adnan Türkkan, İşçi Partisi Öncü Gençlik(Gençlik Kolları) Başkan Yardımcısı Tunç Akkoç, Emekli Albay ve ADD Kadıköy Şubesi Başkanı Coşkun Gürel gözaltına alındı. Turhan Çömez ve Levent Ersöz yurtdışına çıktıkları için yakalanamadı. [22] [23] [24] [25] [26] [27] [28] [29] [30]
6 Temmuz 2008 - Davanın sanıklarından Kuddusi Okkır vefat etti.
7 Temmuz 2008 - 1 Temmuz'da gözaltına alınan Hasan Atilla Uğur, İbrahim Özcan , Birol Başaran , Barbaros Altıntaş, Osman Gürbüz, Kemal Aydın, Durmuş Ali Özoğlu , Emekli Orgeneral Hurşit Tolon ve Emekli Orgeneral Şener Eruygur tutuklandı.
14 Temmuz 2008 - İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin yaptığı basın toplantısında Ergenkon davası hakkındaki savcılık iddianamesinin İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesine iletildiğini söyledi. Başsavcı ayrıca Danıştay saldırısı, Cumhuriyet gazetesi'ne atılan bombaların iddianamede yer verildiğini darbe günlüklerinin ise iddianamede yer almadığını bildirdi. [31] [32] [33] [34]
15 Temmuz 2008 - 1 Temmuz'da gözaltına alınan Emekli Jandarma Albay Arif Doğan ve Muzaffer Öztürk tutuklandı.
23 Temmuz 2008 - Ergenekon soruşturmasında 7.dalga: İstanbul Üniversitesi Orman Fakültesi Öğretim Üyesi, İP Merkez Karar Kurulu Üyesi Uçkun Geray, Gemi Mühendisleri Odası Silifke temsilcisi, Ulusal Kanal Çalışanı Yusuf Buldu, İşçi Partisi Üyesi Ulusal Kanal Çalışanı Nuran Gökdemir, Milli Çözüm Dergisi Yayın Müdürü Ahmet Akgül ve Mevlüt Sungur gözaltına alındı. [35]
25 Temmuz 2008 - Ergenekon iddianamesi kabul edildi ve dava süreci resmen başladı.
28 Ağustos 2008 - Anayasa Mahkemesi Başkanvekili Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt zanlı olarak ifade verdi.[36] [37] [38]
2 Eylül 2008 - Karagümrük çetesi lideri Nuri Ergin'in sekiz yıl önce Uşak cezaevinde çıkardıkları isyan sırasında çekilen ve Sabancı suikastının faili Mustafa Duyar'ı öldürme emrini kendisine Veli Küçük'ün verdiğini itiraf ettiği bir video görüntü basına yansıdı. [39][40]
3 Eylül 2008 - Kocaeli Muharebe Hizmet Destek Eğitim ve Garnizon Komutanı Korgeneral Galip Mendi, Kandıra Cezaevinde tutuklu bulunan emekli Orgeneral Şener Eruygur ile Orgeneral Hurşit Tolon'u TSK adına ziyaret etti. [41][42][43] AK Parti ziyareti insanî bir ziyaret olarak nitelerken CHP ve MHP geç kalınmış bir ziyaret şeklinde değerlendirdi. [44]
18 Eylül 2008 - İstanbul, Ankara, İzmir, Mersin ve Hakkari illerinde eş zamanlı olarak düzenlenen 8. dalga operasyonlarında, aralarında Ülkü Ocakları eski Başkanı Levent Temiz, Sisi lakaplı Seyhan Soylu, oyuncu Nurseli İdiz ile beş teğmen ve bir askerî öğrencinin de bulunduğu 19 kişi gözaltına alındı. [45][46] [47] Gözaltına alınan 6 askeri personelden 4 teğmen ve 1 askeri öğrenci tutuklanarak Hasdal'daki askeri cezaevine gönderildi. 1 teğmen ise serbest bırakıldı. [48] Gözaltına alınan diğer 13 kişiden de 6 sı tutuklandı. [49] Böylece bu operasyonda tutuklananların sayısı 11'e yükseldi.
18 Eylül 2008 - Danıştay saldırısı davasında müebbet hapse mahkum olan Osman Yıldırım, Ankara 12. Asliye Ceza Mahkemesi’ne ilettiği 6 sayfalık mektubunda "Ergenekon, Cumhuriyet'e bomba atma işini bana, suikast işlerini de Alparslan Arslan'a, Atabeyler'e verdi" itirafında bulundu. [50] [51]
21 Eylül 2008 - Soruşturma kapsamında tutuklu bulunduğu cezaevinde merdivenden düşen emekli Orgeneral Şener Eruygur tutuklanışından 78 gün sonra sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi.[52] Alınan bu kararın ardından Şener Eruygur'a yurtdışına çıkış yasağı konuldu. [53]
23 Eylül 2008 - Ergenekon operasyonunda 9.dalga: İstanbul, Ankara ve İzmir’de eşzamanlı yürütülen operasyonlarda aralarında Kanaltürk’ün eski sahibi, gazeteci Tuncay Özkan ve eski Esenyurt Belediye Başkanı Gürbüz Çapan Kanaltürk'ün Müdürü Kerimcan Kamal, KanalTürk eski Haber Müdürü Adnan Bulut, Biz kaç kişiyiz? hareketi'nden Evrim Baykara ve eski manken Duygu Dikmenoğlu'nun da bulunduğu 16 kişi gözaltına alındı. [54][55] [56][57][58][59]
26 Eylül 2008 - 21 Eylül 2008 tarihinde tutuklanan askeri personelden 1 teğmen ve 1 askeri öğrenci serbest bırakıldı. 3 teğmenin ise tahliye talebi reddedildi. [60]
27 Eylül 2008 - Ergenekon operasyonunun 9.dalgasında gözaltına alınan gazeteci Tuncay Özkan, eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, eski Esenyurt Belediye Başkanı Gürbüz Çapan, emekli Hakim Albay Tanju Güvendiren, Aydınlık dergisi yazarı Emcet Olcaytu ve tıp doktoru Hüseyin Nazlıkul tutuklandı. [61]
5 Ekim 2008 - Ergenekon davası sebebiyle Kandıra F Tipi Cezaevi ile Tekirdağ F Tipi cezaevindeki tutuklu bulunan 36 sanık Silivri Cezaevine nakledildi.[62]
10 Ekim 2008 - Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan emekli hakim albay Tanju Güvendiren ile tıp doktoru Hüseyin Nazlıkulu serbest bırakıldı.
